Il territorio di Cencelle già al tempo del dominio romano fu popolato da ville come quella della Farnesiana, pensate per lo sfruttamento agrario della zona.
La città di Cencelle risale però al IX secolo d.C., e fu fatta costruire da Papa Leone IV, tra il fiume Mignone e la costa Tirrenica, per salvare gli abitanti di Centumcellae, l’attuale Civitavecchia, dalle incursioni saracene.
Inizialmente chiamata Leopoli, in onore del Papa che ne aveva voluto la realizzazione, fu subito dopo rinominata Cencelle, per volere dei suoi abitanti, in ricordo della loro città natale alla quale in molti, non appena le incursioni saracene sulla costa si fecero più rare, decisero di fare ritorno.
Situata nelle campagne tra Allumiere e Civitavecchia, non si esclude che il territorio includesse anche una parte più ampia dei Monti della Tolfa e un’area della costa fino all’attuale Santa Severa.
Cencelle fu un’importante sede vescovile e ancora oggi accoglie i visitatori con il suo profilo di borgo medievale fortificato e i resti delle sue mura e torri costruite in tufo e pietra calcarea: gli scavi che si susseguono di anno in anno continuano a portare alla luce edifici, chiese, tombe e suppellettili che raccontano i suoi cinque secoli di vita.
Offuscata dalla vicina e potente Corneto, attuale Tarquinia, con la quale non ebbe rapporti facili, Cencelle fu proprietà di papi e signori locali e nel 1200 venne acquistata da Viterbo che presto la cedette al Papa. Dopo un periodo di sottomissione a Corneto e un nuovo passaggio sotto lo Stato della Chiesa, Cencelle cadde in rovina, trasformandosi definitivamente in territorio agricolo.